El Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada fue creado el 16 de julio de 1968, en el Antiguo Hospital Militar, en un espacio de aproximadamente 35 metros cuadrados, en donde funcionaba la farmacia y las oficinas administrativas, con fondos del Ministerio de la Defensa Nacional, denominándose en ese entonces Farmacia del Gobierno Salvadoreño (FAGS).

En 1980 se cambió su nombre de creación por Farmacia General de la Fuerza Armada (FAGFA). Con la finalidad de legitimar su existencia, en 1984 el Ministerio de Defensa presentó a la Honorable Asamblea Legislativa, un proyecto de ley para su creación y surgir así como una institución de derecho público y dependiente del Ministerio de la Defensa y de Seguridad Pública.

Fue así que mediante decreto No 278, de fecha 14 de diciembre de 1984, la Honorable Asamblea Legislativa aprueba la ley de creación del Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada (CEFAFA), como una institución autónoma de derecho público con recursos propios.

Misión

"Brindar un servicio eficiente mediante la comercialización efectiva de productos farmacéuticos y similares, generando ingresos que permitan apoyar a través de donaciones al sistema de Sanidad Militar"

Visión

"Llegar a ser la cadena de farmacias líder en la comercialización de productos farmacéuticos y similares a través del servicio eficiente y de calidad brindado a nuestros clientes"

Valores

• Servicio de Calidad
• Identidad
• Honestidad
• Autenticidad
• Eficiencia
• Competitividad