Ante la necesidad de contar con una farmacia que le permitiera un abastecimiento de medicamentos permanente se crea de manera informal un punto de abastecimiento, sin embargo por no tener una organización formal y por iniciativa de un grupo de Sres. Oficiales, en septiembre del año de 1971, se elabora un instructivo especial para el funcionamiento de la Comisión de Control de Fondos de Farmacia denominado Farmacias del Gobierno Salvadoreño en sus siglas FAGS, cuyo propósito era el de regular el funcionamiento y las responsabilidades de la comisión de control. De esta manera, la farmacia inicia sus operaciones de forma creciente. A partir de mayo del año de 1974, se implementa un sistema de contabilidad que va a permitir ejercer un control más estricto de los recursos financieros.
En el año de 1977, se crea la primera sucursal en la ciudad de Santa Ana, en la sede de la Segunda Brigada de Infantería.
Para el año de 1980, se acuerda el cambio de nominación de FAGS a Farmacia General de la Fuerza Armada FAGFA; cuatro años más tarde, se plantea la posibilidad de crear un proyecto de ley que le permitiera funcionar de manera legal, siendo así que se crea una ley bajo el concepto de un Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada CEFAFA, siendo aprobado por la Asamblea Legislativa a través de la aprobación del decreto No. 278 de fecha 14 de diciembre de 1984.
Actualmente, el Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada, esta conformada por un Consejo Directivo cuyos miembros son nombrado por el Ministerio de la Defensa Nacional cada dos años, integrado por cinco miembros y un gerente; donde se generan políticas orientadas a fortalecer y desarrollar el funcionamiento de dicho centro con el propósito de alcanzar los objetivos deseados.
El Seņor Ministro de Defensa juramenta
al honorable Seņor Presidente del Consejo Directivo del CEFAFA.
Con el propósito de mejorar su nivel competitivo en el concepto de farmacias se ha orientado un proceso de modernización y a fin de estar al día en su nivel competitivo, CEFAFA, busca su relanzamiento como cadena de farmacias con presencia a nivel nacional diversificando su servicio de atención brindando un servicio eficiente a los miembros de la Fuerza Armada, con prestaciones que les permitan satisfacer sus necesidades en medicamentos de excelente calidad y de marcas muy reconocidas a nivel mundial.
